A origem do design é controversa e existem pelo menos três explicações para isso: uma lenda relacionada ao rei, uma referência às duas etnias da população e uma homenagem à flor Fritillaria. Conheça as três histórias:

No século X, o rei croata Stephen Drzislav foi capturado por inimigos da Dalmácia. Para tentar se livrar do confinamento, o monarca propôs aos seus carcereiros uma partida de xadrez. Se ele vencesse o embate, estaria livre, mas, se perdesse, seria morto. Ele venceu e, quando retornou a seu reino, Drzislav instituiu o tabuleiro de xadrez no brasão e na bandeira croata, que permanecem até os dias de hoje. 

A origem do povo croata é incerta e, de acordo com a teoria mais aceita, a tribo se deslocou da área a norte dos Cárpatos, região que forma o sistema de montanhas europeu, nas fronteiras da República Checa, Eslováquia, Polônia, Romênia e Ucrânia, e a Oeste do rio Vístula, maior rio da Polônia, e migrou para a Oeste dos Alpes Dináricos, cordilheira que abrange partes da Eslovênia, Croácia, Bósnia e Herzegovina, Sérvia, Montenegro e Albânia. Essa região é chamada de Croácia Branca. Na população, também existem linhagens originárias do Oriente Médio e sua frequência nos Bálcãs é alta, mas os escandinavos são os únicos similares a eles. Acredita-se que o grupo tenha permanecido o último período glacial no Sul da península Balcânica, migrando para o Norte à medida que o gelo recuava.

Fritillaria é uma flor pertencente à família dos lírios e foi identificada pela primeira vez na Europa, em 1571. Com um formato de sino com bulbos com escamas carnudas e as pétalas quadriculadas, é muito utilizada na medicina chinesa. Sua aparência teria inspirado a bandeira.