Seu livro mais famoso é Agosto, um romance policial ambientado nos últimos dias do governo de Getulio Vargas. Lançado em 1990, ele deu origem à uma minissérie de mesmo nome na TV Globo, três anos depois. Um de seus primeiros livros de contos, Lúcia McCartney, de 1967, virou filme em 1971, série em 1994 e também em 2016. Essa última versão está disponível na Globo Play.
Entre seus títulos mais conhecidos ainda aparecem os romances Bufo & Spallanzani (1986) e O Selvagem da ópera (1994), e os contos Feliz ano novo (1975), O cobrador (1979) e O buraco na parede (1995).
Seu último prêmio Jabuti foi em 2014, com Amálgama, publicado um ano antes. O livro que deu o ponto final na carreira de Rubem Fonseca foi Carne crua, também de contos, lançado em 2018.
Veja a lista completa:
Romances
O caso Morel (1973)
A grande arte (1983)
Bufo & Spallanzani (1986)
Vastas emoções e pensamentos imperfeitos (1988)
Agosto (1990)
O Selvagem da Ópera (1994)
E do meio do mundo prostituto só amores guardei ao meu charuto (1997)
O doente Molière (2000)
Diário de um fescenino (2003)
Mandrake, a Bíblia e a bengala (2005)
O seminarista (2009)
José (2011)
Contos
Os prisioneiros (1963)
A coleira do cão (1965)
Lúcia McCartney (1969)
O homem de fevereiro ou março (1973)
Feliz ano novo (1975)
O cobrador (1979)
Romance negro e outras histórias (1992)
O buraco na parede (1995)
Histórias de amor (1997)
A confraria dos espadas (1998)
Secreções, excreções e desatinos (2001)
Pequenas criaturas (2002)
64 Contos de Rubem Fonseca (2004)
Ela e outras mulheres (2006)
Axilas e outras histórias indecorosas (2011)
Amálgama (2013)
Histórias curtas (2015)
Calibre 22 (2017)
Carne crua (2018)
Outros
O romance morreu (crônicas, 2007)